该中心于2017年3月，由国家认监委实验室部组织相关专家进行现场论证，并于同年5月正式发文批准筹建。为完成国家果蔬及加工产品质量监督检验中心的筹建工作，济南院投入人力、物力，完善实验室的基础设施、仪器设备、检测能力、管理体系等硬件与软件。中心实验室面积由原来的1000m2扩增到1500m2，人员从18名增加到26名；新增500余万元左右仪器设备设施，包括等离子体发射光谱-质谱仪（ICP-MS）、气相色谱-质谱-质谱仪（GC-MS-MS）、离子色谱仪（IC）、液相色谱-原子荧光连用仪（LC-AFS）等；完成了兽药残留检测前处理实验室、实验室三废排放及微生物实验室改造装修。2018年3月通过国家认监委组织的现场评审，增加了粮食加工品、食用油等共31大类产品，检测能力从原来的1298项增加到1638项。
近日，由济南果品研究院筹建的“国家果蔬及加工产品质量监督检验中心”（以下简称中心）获批授权。
